說到益生菌，可能第一時想到的是乳酸菌飲品。大部分人都會誤以為乳酸菌等同益生菌，其實乳酸菌只是益生菌Probiotic的一員，而麵包中的酵母菌也是有益腸道的益生菌。而益生元Prebiotic則是不易被身體消化，但能夠為益生菌培育養分，維持益生菌的活性，幫助腸道益菌的增生。
首先想到的益生菌好處，可能是「改善腸胃功能」、「解決便秘」，但腸道益生菌的好處有很多，跟身體的免疫系統也有很大的關係。所以除了胃腸本身，與免疫系統相關的疾病問題，益生菌都可以發揮一定的效果。
胃腸道疾病腹瀉：如發炎性腸病（克隆氏症、潰瘍性大腸炎）、脹氣、便秘、嬰兒的腸絞痛 牙齒疾病：牙周病
過敏相關：異位性皮膚炎、過敏性皮膚炎
協助肝臟解毒：肝昏迷、肝腦病變
泌尿道問題：女性私密處感染
根據美國國家衛生研究院（NCCIH）文件證實，在預防抗生素引起相關的腹瀉、預防，益生菌有顯著的效果。如在患者接受抗生素治療後，因腸道菌叢變少而引致腹瀉，甚至因細菌感染而引起腹瀉，益生菌都有一定療效。
在治療牙周病、皮膚炎或是協助肝臟解毒方面，研究也指出益生菌有相當正面的效果。例如腸道的菌叢不平衡，糞便毒素累積會流至肝臟，造成肝臟中毒，嚴重者會腦部昏迷。所以食用益生菌可以改善腸道的菌叢，協助肝臟解毒，預防肝臟中毒。
吃了益生菌就不會便秘？
改善腸道健康是益生菌最顯著功效，因此大部分人認為使用益生菌就不會便秘，答案只對了一部分，當中是存在誤會的。
若想要腸道排泄順暢，除了關於腸道益生菌之外，生活習慣也是十分重要的一環。
如果平時甚少喝水，膳食纖維攝取不足，即使食用益生菌，也不能立刻改善便秘問題，更可能使情況變得嚴重。
消委會提醒，如在選購益生菌產品，不要被宣傳或廣告上「改善濕疹」、「預防敏感」等字眼吸引而購買，最好對個人狀況和實際需要有充分認識，才食用合適的益生菌產品。
益生菌要何時食用？如何食用？
準備購買腸道益生菌的你，或者會有很多問題，例如早上還是晚上食較好？用熱水還是冷水配服呢？產品包裝上當然會提供有建議食用方法。
但要留意的是，益生菌一般都不建議在睡前食用，因睡眠時身體在休息狀態，腸道變得不活躍，導致無法完全有效吸收益生菌。
由於益生菌不耐熱，以30度以下室溫水配服為佳。
另外，避免同時飲用咖啡、汽水或果汁等含糖飲料，以免降低腸道益生菌的活性。
此外，可以留意益生菌的產品包裝，因為錠劑的腸道益生菌產品，在製作過程中經過高熱及加壓，會造成益生菌大量死亡，所以並不建議選擇此產品形態。
自製益生菌可以嗎？
近年在家煮食愈來愈流行，很多人會自購牛奶，在家自行製作新鮮益生菌食物，如乳酪。此方法非常好，但有一點需要提醒大家，自行在家培養菌種，要嚴格執行安全消毒保障。在家中可能因環境操作上的限制，使益生菌種遭到破壞，最終導致食物中毒，就得不償失了。
自製乳酪特別注意
- 益生菌的來源可靠性
- 跟隨正確做法
- 製作後的冷藏保存方法
- 盡快吃完
自製乳酪的保存期限，與原來的乳製品保存期限大不相同。
製作成為乳酪後保存期不會拉長太多，還是會腐壞的。
另外，自製乳酪在加熱時，要注意菌種的耐熱程度，過高溫度可能會殺死益生菌，或減少益生菌的活菌數量，還可能加快成品發酵，更加容易腐壞。
